Từ ngày 01/07/2025, quy định về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào có thay đổi đáng chú ý. Một trong những điểm các cơ sở kinh doanh cần quan tâm là yêu cầu về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên, trong các trường hợp thuộc diện áp dụng điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

Với nhà thuốc, quầy thuốc và doanh nghiệp dược, quy định này đặc biệt đáng chú ý vì hoạt động nhập hàng thường phát sinh nhiều hóa đơn từ nhà phân phối, công ty dược và nhà cung cấp trong cùng một ngày. Việc lưu hóa đơn nhưng không quản lý đồng thời chứng từ thanh toán có thể khiến bộ hồ sơ mua hàng thiếu căn cứ khi đối chiếu thuế.

Tóm tắt nhanh: Hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng đã gồm VAT thuộc trường hợp khấu trừ thuế GTGT cần lưu ý chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Nhà thuốc nên quản lý đồng thời hóa đơn, công nợ và chứng từ thanh toán.

Hóa đơn từ 5 triệu đồng có bắt buộc chuyển khoản không?

Không nên hiểu rằng mọi hóa đơn từ 5 triệu đồng đều tuyệt đối cấm thanh toán bằng tiền mặt. Quy định cần được hiểu trong bối cảnh điều kiện để cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024 và các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024 có hiệu lực từ ngày 01/07/2025. Nghị định số 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ cũng có hiệu lực từ ngày này và hướng dẫn chi tiết một số nội dung của Luật Thuế giá trị gia tăng. (vanban.chinhphu.vn)

Theo quy định này, đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp áp dụng điều kiện khấu trừ cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Điểm cần chú ý là ngưỡng 5 triệu đồng thấp hơn đáng kể so với ngưỡng 20 triệu đồng thường được nhiều kế toán và chủ cơ sở kinh doanh ghi nhớ theo quy định trước đây. Vì vậy, quy trình mua hàng và thanh toán nội bộ nên được cập nhật tương ứng.

Đối với nhà thuốc hoạt động dưới mô hình hộ kinh doanh, doanh nghiệp hoặc các phương pháp tính thuế khác nhau, cách áp dụng thực tế có thể không hoàn toàn giống nhau. Chủ cơ sở nên xác định rõ phương pháp kê khai thuế của mình và kiểm tra với kế toán, đơn vị tư vấn thuế hoặc cơ quan quản lý khi cần.

Vì sao nhà thuốc cần đặc biệt chú ý mốc 5 triệu đồng?

Nhà thuốc thường nhập hàng với tần suất cao, nhiều nhà cung cấp và nhiều hóa đơn trong ngày nên nguy cơ bỏ sót chứng từ thanh toán cao hơn nhiều ngành bán lẻ thông thường. Một sai sót nhỏ trong quy trình thanh toán có thể khiến việc đối chiếu hóa đơn đầu vào sau này trở nên khó khăn.

Ví dụ, một nhà thuốc có thể nhập thuốc và hàng chăm sóc sức khỏe từ cùng một nhà phân phối theo các đơn khác nhau trong ngày. Mỗi đơn riêng lẻ có thể dưới 5 triệu đồng, nhưng tổng giá trị mua trong ngày từ cùng người bán có thể đạt hoặc vượt ngưỡng cần lưu ý.

Theo quy định hiện hành, trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ nhiều lần trong cùng một ngày từ cùng một người bán, mỗi hóa đơn dưới 5 triệu đồng nhưng tổng giá trị các hóa đơn đạt từ 5 triệu đồng trở lên thì điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cũng cần được xem xét khi xác định quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Do đó, thay vì chỉ kiểm tra từng hóa đơn riêng lẻ, nhà thuốc nên quản lý giao dịch theo ít nhất ba chiều:

• Nhà cung cấp nào phát hành hóa đơn.
• Tổng giá trị mua trong ngày từ nhà cung cấp đó.
• Hình thức và chứng từ thanh toán tương ứng.

Đây cũng là lý do việc quản lý hóa đơn tách biệt hoàn toàn khỏi công nợ và thanh toán dễ tạo ra sai sót.

Hóa đơn dưới 5 triệu thanh toán tiền mặt cần lưu những chứng từ gì?

Hóa đơn dưới 5 triệu đồng có thể không thuộc trường hợp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện khấu trừ nêu trên, nhưng nhà thuốc vẫn nên lưu đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế. Bộ chứng từ cần phù hợp với từng nghiệp vụ mua hàng và quy định hiện hành.

Tùy trường hợp, hồ sơ có thể bao gồm:

• Hợp đồng hoặc đơn đặt hàng.
• Hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn hợp pháp tương ứng.
• Phiếu nhập kho hoặc phiếu xuất kho của bên bán.
• Phiếu thu hoặc biên lai thu tiền.
• Bảng kê hoặc báo cáo bán hàng nếu có.
• Chứng từ giao nhận, vận chuyển hàng hóa.
• Biên bản nghiệm thu đối với nghiệp vụ phù hợp.
• Biên bản thanh lý hợp đồng nếu phát sinh.
• Các chứng từ liên quan khác theo tính chất giao dịch.

Trong hoạt động nhà thuốc, nên đặc biệt đảm bảo thông tin trên hóa đơn, phiếu nhập và hàng thực nhận có thể đối chiếu với nhau. Với thuốc và các sản phẩm có quản lý lô, hạn dùng, việc liên kết chứng từ mua hàng với phiếu nhập kho còn giúp kiểm soát tồn kho tốt hơn, dù đây là nghiệp vụ quản trị riêng với điều kiện khấu trừ thuế.

Làm sao để xử lý khi có nhiều hóa đơn dưới 5 triệu trong cùng ngày?

Không nên chỉ nhìn giá trị từng hóa đơn. Nhà thuốc cần kiểm tra tổng giá trị mua trong cùng ngày từ cùng một người bán để xác định giao dịch có chạm ngưỡng cần chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt hay không.

Ví dụ, trong cùng một ngày nhà thuốc nhận ba hóa đơn từ Nhà phân phối A:

Hóa đơn	Giá trị thanh toán
Hóa đơn 1	2.000.000 đồng
Hóa đơn 2	1.500.000 đồng
Hóa đơn 3	2.000.000 đồng
Tổng	5.500.000 đồng

Nếu các giao dịch thuộc phạm vi quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT, tổng giá trị 5,5 triệu đồng trong ngày là yếu tố nhà thuốc cần lưu ý khi lựa chọn hình thức thanh toán và lưu chứng từ.

Một quy trình thực tế nên là:

1. Ghi nhận hóa đơn theo từng nhà cung cấp.
2. Tự động hoặc định kỳ cộng tổng hóa đơn phát sinh trong ngày.
3. Cảnh báo khi tổng giá trị đạt ngưỡng cần kiểm tra.
4. Liên kết giao dịch chuyển khoản hoặc chứng từ thanh toán với hóa đơn tương ứng.
5. Kiểm tra lại các hóa đơn chưa có chứng từ trước khi khóa kỳ hoặc chuyển hồ sơ cho kế toán.

Cách làm này an toàn hơn việc đợi đến cuối tháng mới rà soát hàng trăm hóa đơn đầu vào.

Khi nào không nhất thiết phải có chứng từ chuyển khoản thông thường?

Pháp luật có quy định một số phương thức và trường hợp đặc thù được xem xét khác với việc chuyển tiền trực tiếp thông thường từ tài khoản người mua sang người bán. Tuy nhiên, hồ sơ chứng minh cho những giao dịch này thường chặt chẽ hơn và nên được kiểm tra theo quy định hiện hành.

Một số trường hợp thường được nhắc đến gồm:

Bù trừ hàng hóa, dịch vụ hoặc công nợ

Trường hợp các bên thỏa thuận bù trừ giá trị hàng hóa, dịch vụ hoặc công nợ, cơ sở kinh doanh cần có hồ sơ thể hiện rõ việc đối chiếu và xác nhận giữa các bên. Nếu có bên thứ ba tham gia, chứng từ đối chiếu cần phản ánh đầy đủ quan hệ giữa các bên liên quan.

Thanh toán thông qua bên thứ ba được ủy quyền

Nếu người bán chỉ định hoặc các bên thỏa thuận thanh toán thông qua một bên thứ ba, nội dung này nên được thể hiện rõ bằng hợp đồng hoặc văn bản phù hợp. Việc áp dụng cần căn cứ hồ sơ thực tế và quy định pháp luật tại thời điểm giao dịch.

Thanh toán bằng các phương thức đặc thù khác

Một số giao dịch có thể sử dụng cổ phiếu, trái phiếu hoặc phương thức thanh toán khác được pháp luật công nhận. Đây không phải tình huống phổ biến đối với nhà thuốc bán lẻ, nhưng doanh nghiệp dược có giao dịch phức tạp nên trao đổi với bộ phận kế toán hoặc tư vấn thuế trước khi thực hiện.

Khi nào mua trả chậm, trả góp vẫn được khấu trừ thuế GTGT?

Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm hoặc trả góp từ 5 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh có thể chưa cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt ngay nếu chưa đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng. Tuy nhiên, khi đến hạn, chứng từ thanh toán trở thành yếu tố cần được kiểm soát chặt chẽ.

Nghị định số 144/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 20/06/2026, đã sửa đổi quy định liên quan đến trường hợp mua trả chậm, trả góp. Theo đó, nếu chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn có thể khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo điều kiện được quy định. (xaydungchinhsach.chinhphu.vn)

Khi đến thời hạn thanh toán mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo yêu cầu, cơ sở kinh doanh phải xem xét việc kê khai điều chỉnh giảm phần thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng. Nếu sau đó có đủ chứng từ thanh toán phù hợp, quy định hiện hành cũng cho phép xem xét kê khai khấu trừ trở lại trong kỳ phát sinh chứng từ. (xaydungchinhsach.chinhphu.vn)

Đối với nhà thuốc thường nhập hàng theo công nợ 15 ngày, 30 ngày hoặc theo chu kỳ thanh toán với nhà phân phối, đây là điểm rất đáng lưu ý. Hệ thống công nợ nên theo dõi đồng thời ngày đến hạn, số tiền phải trả và hình thức thanh toán, thay vì chỉ ghi nhận trạng thái “đã thanh toán”.

Làm sao để nhà thuốc hạn chế sai sót về hóa đơn và chứng từ thanh toán?

Cách hiệu quả nhất là quản lý hóa đơn, phiếu nhập, công nợ và thanh toán trong cùng một quy trình đối chiếu. Nhà thuốc càng có nhiều nhà cung cấp và số lượng giao dịch lớn thì việc theo dõi bằng sổ tay hoặc các bảng tính rời rạc càng dễ phát sinh thiếu sót.

Một quy trình tham khảo gồm:

1. Nhập hàng và ghi nhận nhà cung cấp: mỗi phiếu nhập gắn với đúng nhà cung cấp và hóa đơn liên quan.
2. Lưu thông tin hóa đơn: số hóa đơn, ngày hóa đơn, giá trị trước thuế, thuế GTGT và tổng thanh toán.
3. Theo dõi công nợ: xác định khoản nào trả ngay, khoản nào mua chịu và ngày đến hạn.
4. Ghi nhận thanh toán: lưu hình thức thanh toán, ngày thanh toán và thông tin chứng từ.
5. Đối chiếu định kỳ: tìm hóa đơn đã đến hạn nhưng chưa có chứng từ thanh toán phù hợp.
6. Lưu hồ sơ điện tử: đảm bảo có thể tra cứu lại hóa đơn, phiếu nhập và lịch sử thanh toán khi cần.

Với phần mềm quản lý nhà thuốc Omini, hướng tiếp cận phù hợp là liên kết nghiệp vụ mua hàng, hóa đơn, nhà cung cấp và công nợ để chủ nhà thuốc dễ đối chiếu hơn thay vì quản lý từng phần riêng biệt. Phần mềm có thể hỗ trợ giảm thao tác thủ công, nhưng việc xác định một khoản chi cụ thể có đáp ứng điều kiện thuế hay không vẫn cần căn cứ chứng từ thực tế và quy định hiện hành.

Nhà thuốc cần nhớ gì về quy định hóa đơn từ 5 triệu đồng?

Mốc 5 triệu đồng quan trọng chủ yếu trong việc kiểm soát điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Nhà thuốc không nên hiểu đơn giản thành quy định “mọi hóa đơn trên 5 triệu đều cấm trả tiền mặt”.

Ba điểm nên ghi nhớ là:

• Kiểm tra giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT trong trường hợp áp dụng điều kiện khấu trừ.
• Không bỏ qua tình huống nhiều hóa đơn dưới 5 triệu đồng từ cùng một người bán trong cùng ngày.
• Với giao dịch mua chịu hoặc trả chậm, cần theo dõi thời hạn thanh toán và chứng từ thanh toán sau khi đến hạn.

Các quy định về thuế có thể tiếp tục được sửa đổi, bổ sung. Nhà thuốc và doanh nghiệp dược nên kiểm tra văn bản đang có hiệu lực, trao đổi với kế toán hoặc cơ quan quản lý trước khi xử lý những giao dịch đặc thù.

Trong vận hành hằng ngày, phần mềm quản lý nhà thuốc Omini có thể hỗ trợ tập trung dữ liệu nhập hàng, hóa đơn, công nợ và chứng từ thanh toán để việc kiểm tra hồ sơ thuận tiện hơn. Mục tiêu quan trọng không chỉ là lưu được hóa đơn mà còn là có thể truy ngược đầy đủ từ hóa đơn đến giao dịch mua hàng và lần thanh toán tương ứng.

Câu hỏi thường gặp

Hóa đơn đúng 5 triệu đồng có phải thanh toán không dùng tiền mặt không?

Nếu hàng hóa, dịch vụ mua vào có tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT và giao dịch thuộc trường hợp áp dụng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh cần lưu ý yêu cầu về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành.

Hóa đơn 4 triệu đồng có thể thanh toán bằng tiền mặt không?

Một hóa đơn riêng lẻ dưới 5 triệu đồng có thể không thuộc ngưỡng yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nêu trên. Tuy nhiên, nếu trong cùng ngày có nhiều hóa đơn từ cùng một người bán và tổng giá trị đạt từ 5 triệu đồng trở lên thì cần kiểm tra điều kiện thanh toán theo quy định hiện hành.

Nhà thuốc mua hàng công nợ 30 ngày thì khi nhận hóa đơn đã phải chuyển khoản ngay chưa?

Không nhất thiết. Với giao dịch mua trả chậm hoặc trả góp, nếu chưa đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh có thể chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Khi đến hạn, cần thanh toán và lưu chứng từ phù hợp để đảm bảo điều kiện khấu trừ theo quy định hiện hành.

Chủ nhà thuốc chuyển khoản từ tài khoản cá nhân có được tính là chứng từ hợp lệ không?

Việc chứng từ từ tài khoản cá nhân có đáp ứng điều kiện hay không phụ thuộc mô hình kinh doanh, chủ thể thanh toán, nội dung ủy quyền và hồ sơ liên quan. Không nên mặc định mọi chuyển khoản cá nhân đều hợp lệ; nên kiểm tra với kế toán hoặc cơ quan quản lý đối với trường hợp cụ thể.

Phần mềm quản lý nhà thuốc có thể hỗ trợ kiểm soát hóa đơn từ 5 triệu đồng như thế nào?

Phần mềm quản lý nhà thuốc Omini có thể hỗ trợ tập trung dữ liệu nhà cung cấp, phiếu nhập, hóa đơn, công nợ và lịch sử thanh toán để thuận tiện đối chiếu. Tuy nhiên, phần mềm không thay thế việc kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ và quy định thuế áp dụng cho từng giao dịch.